民國57年2月1日臺灣省國稅稽徵業務奉行政院第1055次院會決議委託臺灣省政府交由各縣市稅捐稽徵處徵收辦理，經臺灣省政府於79年2月19日以府財稅人字第144501號函請財政部自行辦理國稅稽徵業務；80年4月立法院審查財政部81年度預算時亦作成注意辦理事項「儘速研擬在臺灣省各地設置國稅局，將委託臺灣省代徵之國稅收回自徵」，案經財政部規劃後報奉行政院81年2月28日台財07369號函核定自81年7月1日起將委託臺灣省代徵之國稅收回，於財政部設臺灣省北、中、南三區國稅局，正式辦理臺灣省各地區國稅稽徵業務，惟所屬之分局及稽徵所則延至9月1日始開始運作。

另奉行政院86年6月10日台(86)處忠三字第05366號通知單，自86年7月1日起，由本局以任務編組方式設金門服務處暨第二辦公室辦理金馬地區國稅稽徵業務，並於87年7月1日將金門服務處第二辦公室改編為馬祖服務處；89年行政院核定財政部各地區國稅局委託各直轄市及縣(市)政府所屬稅捐稽徵處代徵之營業稅，自92年1月1日起，回歸國稅局稽徵；97年3月4日為應業務需要，奉行政院將前以任務編組成立之金門服務處改制為金門稽徵所；為配合臺北縣改制為新北市，奉行政院99年6月17日核定臺北縣分局更名為板橋分局。

又奉行政院組織改造推動小組100年12月19日改組字第1005360253號書函，本局自102年1月1日起機關名銜變更為「財政部北區國稅局」；另按行政院101年12月26日院授研綜字第1012261485號函核定本局組織規程，分局除板橋分局外，更名為基隆分局、宜蘭分局、桃園分局、花蓮分局、新竹分局、竹北分局；稽徵所及服務處則改為派出單位。

為提升服務品質，營造優質洽公環境，本局區局、桃園分局及國有財產署北區分署桃園辦事處合署辦公大樓歷經8年之規劃興建，業於97年6月底竣工，並於98年1月落成啟用。

本局服務區域包括[新北市]、[桃園市]、[新竹縣]、[新竹市]、[基隆市]、[宜蘭縣]、[花蓮縣]、[金門縣]及[連江縣]等9個縣市，局本部設6組5室，依稽徵作業程序功能劃分，綜理營利事業所得稅、綜合所得稅、遺產及贈與稅、貨物稅、證券交易稅、期貨交易稅、菸酒稅、營業稅、特種貨物及勞務稅等各稅業務；並於各縣市分設7個分局、15個稽徵所及2個服務處，執行轄內稽徵及服務業務。