本分局設分局長、秘書各1人，以業務分組，下設四課二室，各課室執掌如下：

辦公時間：
  ◎星期一至星期五(例假日休息)上午8時至12時、下午1時30分至5時30分
  ◎1樓全功能櫃檯中午不打烊，下午服務時間至下午5時30分
服務地區：花蓮市、新城鄉、吉安鄉、壽豐鄉、鳯林鎮、光復鄉、豐濱鄉、秀林鄉及萬榮鄉
服務電話：03-8311860
免費服務電話：0800-000321 
1號櫃台:總收文(分機402)
4號櫃台:總發文(分機415)

營所遺贈稅課辦公地點：2樓，負責稅目為營利事業所得稅、遺產及贈與稅
業務內容：
•營所稅審查、核定（分機 115、121~124）
•營所稅開徵、發單、取證及退稅 (分機 113)
•營所稅清決算及暫繳業務 （分機 121、124）
•遺贈稅審查、核定 （分機115、121~124）
•遺贈稅開徵、實物抵繳 (分機 127、128)
•外查報備案件處理 (分機 115、121~123)
•檢舉查緝、簡易違章案件之審理及裁罰 （分機 115、121~124、127、129）
•課稅資料蒐集、整理、建檔及保管 (分機 112)  

綜所稅課辦公地點：1樓，負責稅目為綜合所得稅、扣繳、執行業務、房地合一

業務內容：
•綜合所得稅申報收件、審核及開徵 (分機 207~211)
•外僑綜合所得稅申報收件、審核及開徵 (分機 205、212)
•綜合所得稅簡易違章案件審理及裁罰 (分機 213)
•扣繳服務區 (分機 202、203)
•執行業務及其他所得審理及諮詢 (分機 216) 
•房地合一稅收件櫃台 (分機 220) 
•租賃所得業務審理及諮詢 (分機 217) 
•非扣繳業務審理及諮詢 (分機 223) 
•非營利扣繳單位變更設立登記 （分機 214、215）
•全功能櫃台作業 （分機 226、227）

銷售稅課辦公地點：2樓，負責稅目為營業稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅

業務內容：
•營業稅服務區 (分機 301~305)
•營業稅專案查核 （分機314、323、324、327）
•電子發票業務 （分機 326）
•菸酒、貨物稅查核 (分機 325)
•營業稅申報收件（包含媒體申報）、審查、核定、開徵、發單及取證 （分機 301~305、308）
•營業稅稅籍資料管理 （分機 311~316）
•統一發票之管理及稽查作業 (分機 307) 
•課稅資料蒐集、整理、建檔及保管 (分機 307) 
•貨物稅證照核發 （分機 325）
•受理違章檢舉案件查緝 （分機 328）
•特種貨物及勞務稅查核 （分機 325）
•營業稅清欠業務及補單 （分機 312）

服務管理課辦公地點：1樓，負責公文收發、納稅服務
4樓，負責租稅教育、宣導、清稅業務及一般行政業務
5樓，負責電腦設備管理、登錄站

業務內容：
•租稅教育及宣導 (分機 403、413)
•納稅服務 (分機 406)
•企劃管考業務 (分機 412)
•公文收發及檔案管理 (分機 402、409、415)
•出納、庶務業務 (分機 401、404、405)
•欠稅保全、移送執行、債權憑證清查等業務 (分機 425、407、410)
•各稅稅款劃解及退稅管理 （分機 411）
•電腦設備管理、登錄站 (分機 802~804、808)      
•兼辦政風 （分機 400）

人事室辦公地點：3樓

業務內容：
•綜理人事業務 (分機 500)
•人事管理業務 (分機 501)
•設置處理職場霸凌申訴支專線電話、傳真、專用電子信箱：
(一)申訴專線電話：03-8311860分機500
(二)申訴專用傳真：03-8311876
(三)申訴專用電子信箱：personnel_hl@ntbna.gov.tw

主計室辦公地點：3樓

業務內容：
•綜理會計業務 (分機 700)
•經費類會計業務及歲出預、決算編報等 (分機 701)
•徵課、稅課外收入、歲入類會計相關業務及預、決算編報等 (分機 703)