- 歷史沿革：
本分局於 81 年 9 月 1 日 依行政院組織編制成立，其人員係由花蓮縣稅捐稽徵處原辦理國稅之人員移撥組成。初期與花蓮縣稅捐稽徵處合署辦公。
92年1月1日營業稅由花蓮縣稅捐稽徵處移撥至本分局，其人員亦同時移撥。由於業務、人員增加，原辦公場所不敷使用，經多方協調、溝通，覓得花蓮市府前路612號新場所後，於94年2月1日將業務課先遷入，而於同年12月底再將分局長室、秘書室及行政單位遷入，集中辦公。99年12月20日搬遷至花蓮市明禮路131號新建辦公廳舍辦公，該大樓並榮獲第10屆公共工程金質獎，舒適的辦公環境提供納稅義務人便捷更有效率的服務。
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服務轄區與地方特性：
花蓮縣幅員遼闊，土地面積為4,628平方公里，佔全省總面積八分之一，其中平地僅佔百分之七，河川地佔百分之六，其餘大部分為山地。而南北長達137公里。狹小的平地夾處於中央山脈與海岸山脈間之花東縱谷，與西部有中央山脈隔絕，距北部亦路途遙遠，目前雖有蘇花公路、中部橫貫公路、花東鐵公路以及北迴鐵路等對外交通幹道，惟因運輸成本高，迄今工商企業仍不發達。
本分局轄區除中華紙漿、亞洲、台灣水泥及和平發電廠等少數幾家公司及部分屬花蓮特色之大理石工廠外，多屬營業規模不大之中小企業，所以稅收並不充裕。
花蓮縣境有13鄉鎮市，本分局轄區則有９鄉鎮市，為花蓮市、新城鄉、吉安鄉、壽豐鄉、鳯林鎮、光復鄉、豐濱鄉及秀林鄉、萬榮鄉２原住民鄉。